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microRNA测序

 microRNA(miRNA)是一种大小约21—23个碱基的单链小分子RNA,是由具有发夹结构的约70-90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成,不同于siRNA(双链)但是和siRNA密切相关。microRNA通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或抑制mRNA的翻译,从而在转录后水平调控蛋白表达(最新发现miRNA也能在转录水平调控基因表达)。miRNA在物种进化中相当保守,在动物、植物和真菌等中发现的miRNA表达均有严格的组织特异性和时序性。miRNA在细胞生长和发育过程中起多种作用,包括调控发育、分化、凋亡和增殖等。

目前研究miRNA的方法主要是realtime-PCR、生物芯片技术以及第二代测序技术。基于第二代测序技术的miRNA测序,可以一次获得数百万条miRNA序列,能够快速鉴定出不同组织、不同发育阶段、不同疾病状态下已知和未知的miRNA及其表达差异,为研究miRNA对细胞进程的作用及其生物学影响提供了有力工具。

 

分析项目

标准分析项目

1) 原始数据质控(去接头污染,去低质量reads),数据产出统计;

2) 与参考序列比对;

3) 小RNA与rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA、piRNA的比对信息;

4) 小RNA与miRBase 中指定范围的已知的 miRNA的比对;

5) 按照优先级将小RNA进行分类注释;

6) 预测新的miRNA;

7) 差异miRNA分析;

8) 差异miRNA表达聚类分析;

9) miRNA靶基因预测分析

10) 靶基因功能富集分析

 

高级分析项目(以下分析选择分析结果较好的3~5个)

靶基因蛋白互作网络分析

miRNA功能协同网络分析

miRNA通路协同网络分析

miRNA共调控网络分析

miRNA活性分析

按照客户要求对兴趣miRNA进行深入分析;

重要miRNA的功能富集分析;

 
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